Recenzja naukowa pracy jest podstawowym narzędziem akceptacji i kwalifikacji każdej publikacji merytorycznej do druku. Przyjęty przez redakcję system recenzowania opiera się na anonimowości i niezależności recenzentów, co sprzyja swobodnej krytyce i wyeliminowaniu stronniczości.

• Autor (autorzy) artykułu przysyła (przysyłają) go – w formie elektronicznej lub na płycie CD – do redakcji „Magazynu Stomatologicznego” z prośbą o opublikowanie. 
Do pracy powinno być dołączone oświadczenie, że artykuł nie był wcześniej drukowany ani wysyłany do publikacji w innym czasopiśmie lub portalu internetowym (formularz oświadczenia do pobrania na stronie internetowej www.magazyn-stomatologiczny.pl).

• Prace nadesłane do redakcji są poddawane formalnej ocenie redakcyjnej i opracowaniu językowemu. Jeśli artykuł nie spełnia przyjętych przez redakcję kryteriów, może być odrzucony.

• Zaakceptowany wstępnie artykuł jest przesyłany redaktorowi naukowemu, który zajmuje się tematyką poruszoną w pracy. Redaktor tematyczny ocenia poprawność zastosowanej metodologii i terminologii oraz zgodność struktury pracy z zasadami określonymi w regulaminie publikacji prac.

• Po usunięciu danych identyfikacyjnych autora (autorów) zaakceptowany wstępnie przez redaktora tematycznego artykuł jest wysyłany do recenzji.
Recenzji dokonuje jeden lub dwóch współpracujących z redakcją „Magazynu Stomatologicznego” recenzentów (lista recenzentów na stronie www.magazyn-stomatologiczny.pl, zakładka O nas). Recenzentami są pracownicy nauki, specjaliści określonej dziedziny stomatologii, którzy zajmują się tematyką poruszoną w pracy lub bardzo zbliżoną. 
W procedurze recenzowania są zachowane zasady anonimowości (recenzent (recenzenci) i autorzy nie znają swoich tożsamości, tzw. single-blind review process lub double-blind review process). Celem jest uniknięcie stronniczości.

• Recenzenci, działając niezależnie od siebie, oceniają publikację i wysyłają swoje oceny redakcji.

• Recenzja musi mieć formę pisemną i zawierać jednoznaczny wniosek o dopuszczenie pracy do publikacji, dopuszczenie jej do publikacji po uwzględnieniu merytorycznych uwag recenzenta lub odrzucenie.

• Autor pracy jest informowany o wyniku recenzji. Może również zapoznać się z jej treścią.

• Redakcja, na podstawie ocen, podejmuje decyzję o odrzuceniu publikacji, przyjęciu jej do druku lub odesłaniu do autora w celu naniesienia poprawek; w tym ostatnim wypadku, redakcja razem z publikacją odsyła autorowi teksty recenzji – po usunięciu z nich informacji o tożsamości recenzentów.

• Po otrzymaniu recenzji z uwagami krytycznymi autor ma obowiązek się do nich ustosunkować i nanieść odpowiednie zmiany w tekście publikacji.

• Poprawiony tekst publikacji wraz z odpowiedziami na uwagi recenzentów autor ponownie wysyła do redakcji, po czym redakcja podejmuje ostateczną decyzję o odrzuceniu bądź przyjęciu publikacji do druku.