Nie można zrezygnować z podchlorynu sodu jako środka do płukania kanałów. Podchloryn sodu jest stosowany do płukania kanałów m.in. ze względu na swoje właściwości lityczne. Chlorheksyna natomiast nie rozpuszcza resztek organicznych, więc choć ma dobre właściwości dezynfekujące, nie może zastąpić podchlorynu sodu. Zaznaczę, że podchloryn sodu jest używany zarówno do płukania kanałów zainfekowanych, jak i niezainfekowanych (np. po wyłuszczeniu miazgi w znieczuleniu). W przypadku kanałów niezainfekowanych jest stosowany wyłącznie ze względu na właściwości lityczne.